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税務署は縦割り組織で、所得税を扱う「個人課税部門」、法人税を扱う「法人課税部門」、相続税、相続税還付、譲渡所得課税などを扱う「資産課税部門」でそれぞれ独立しています。相続税還付を担当した資産課税部門の税務署員が、所得税・法人税の調査担当となることは可能性的には低いと考えられます。

相続人の中には、相続税還付なんかすると所得税・法人税でやり返されるかもしれないとご心配される方がいますが、そういった心配はまずないと言えるでしょう。

相続税還付請求時には、主として土地の評価額を見直します。相続税調査の際には、金融資産のもれ（主として名義預金のもれ）を調査します。土地評価の見直しと金融資産のもれは、方向性が違いますので、相続税調査の確率が高まることは考えにくいと思われます。

相続税還付請求をすると相続税調査が入るのではないか、とご心配される相続人の方がいますが、上述のように相続税還付請求というのは、土地の評価の見直しが主で、相続税調査とは視点が違いますので、相続税還付請求が相続税調査を招き入れるといったことは言えないと思います。下記データにありますように、平成 18 年ですと相続税調査実績の割合は 26.7 ％で、我々が相続税還付請求させていただいたのが 101 件中、相続税調査が来たのがわずか 6 件、割合にして 5.9 ％。国税庁平均の 26.7 ％に比べると、圧倒的に低い数字となっています。調査実績件数の数字をみれば、相続税還付請求をしたら相続税調査を招き入れるといったことは言えないと思います。